Als Sohn des Juristen Karl Alphons Lugo (1805-1883) in Stockach geboren, begann Emil Lugo im Alter von 16 Jahren 1856 sein Studium an der Großherzoglich Badischen Kunstschule in Karlsruhe bei dem Landschaftsmaler Johann Wilhelm Schirmer (1807–1863). In Karlsruhe lernte Lugo den Maler Hans Thoma kennen, der ab Oktober 1859 ebenfalls die Kunstschule besuchte und mit dem ihn später eine lebenslange Freundschaft verband. Lugo hatte als Maler vor allem mit ideal überhöhten Landschaften Erfolg.